Засгийн газрын гаргасан шийдвэрийг Захиргааны хэргийн шүүх хянах уу, Үндсэн хуулийн Цэц хянах уу гэдэг асуудал хуульчдын дунд маргаан сэдэв болжээ. Анх энэ асуудал Ц.Элбэгдорж Ерөнхий сайдаар ажиллаж байхдаа танхимынхаа хоёр сайдаа огцруулах болсноос үүдэлтэй. Тухайн үед Засгийн газрын тэргүүнийхээ шийдвэрийг танхимынх нь хоёр сайд шүүхэд өгснөөр огцруулах асуудал гацаж, маргаан Үндсэн хуулийн Цэц хүртэл өндрөө авч байв.

Харин Цэц “2002 оны Захиргааны хэрэг хянан шийдвэрлэх тухай хууль нь Засгийн газрын улс төрийн шийдвэр гаргах эрхэнд халдаж байна” гэсэн дүгнэлтийг гаргасан. Өөрөөр хэлбэл, “Гүйцэтгэх засаглалын улс төрийн шийдвэр гаргах эрхэнд Шүүх засаглал халдсан гэж үзэх үндэслэлтэй” хэмээсэн юм. Энэ талаар хуулийн ухааны доктор, профессор О.Мөнхсайхан хэвлэлд ярилцлага өгөхдөө “2016 онд Захиргааны хэрэг шүүхэд хянан шийдвэрлэх тухай хуулийн 13.1-д “Захиргааны хэргийн шүүх Цэц болон өөр шүүхэд харьяалуулснаас бусад нийтийн эрх зүйн маргааныг хянан шийдвэрлэнэ” гэсэн заалт оруулсан. Энэ нь эрүү, иргэний хэргийг Эрүү, иргэний шүүх, Үндсэн хуулийн маргааныг Цэц, эдгээрээс бусад нийтийн эрх зүйн маргааныг Захиргааны шүүх хянана гэсэн үг юм. Ингэж захиргааны хэргийн харьяаллын асуудлыг ялгаж, нарийвчлан зааснаар Үндсэн хуулийн зөрчил бүрэн арилсан” гэж тайлбарласан.

Өөрөөр хэлбэл, 2005 онд Цэцийн гаргасан дүгнэлт үндэслэлтэй боловч 2002 оны Захиргааны хэрэг хянан шийдвэрлэх тухай хуульд үндэслэж гаргасан шийдвэр байсан. Үүнийг хожим 2016 онд хуульд нэмэлт өөрчлөлт оруулах замаар засч, Үндсэн хуулийн зөрчлийг арилгасан гэсэн үг юм.

Гэхдээ Цэц уг асуудлыг дахин сөхөхдөө 2016 оны шинэчлэлийг бус 2002 оны хуучин хууль, мөн түүнд үндэслэж гаргасан 2005 оны Цэцийн дүгнэлтийг барьж тайлбарлаж байгаа. Үүнийг Засгийн газрын гаргасан шийдвэрийг бүхэлд нь Захиргааны хэргийн шүүхээр хэлэлцэхгүй гэж ойлгож болохгүй юм. 2016 оны өөрчлөлтөөр Засгийн газрын зөвхөн улс төрийн шийдвэрийг Захиргааны хэргийн шүүхээр хэлэлцэхгүй болж, төрийн захиргааны шинжтэй бусад шийдвэрүүдийг хэлэлцэхээр болсон. Жишээлбэл, өнөөдөр Боловсролын яамны гурван ч төрийн нарийн бичгийн даргын асуудал шүүх дээр явж байгаа. Тэд гурвуулаа өөрсдийг нь ажлаас чөлөөлсөн Засгийн газрын шийдвэр хууль бус гэсэн үндэслэлээр шүүхдэлцэж байгаа. Хэрэв Цэцийн байр суурийг баримтлах юм бол тэд хаана хандах нь ойлгомжгүй болно. Захиргааны хэргийн шүүх Засгийн газрын шийдвэрийг хэлэлцэхгүй юм бол Цэцэд хандах болно. Гэтэл ажлаасаа үндэслэлгүйгээр халагдсан нь Үндсэн хууль зөрчсөн асуудал биш учраас Цэц хэлэлцэх эрх зүйн боломжгүй. Тийм учраас шүүхээр, тэр дундаа Захиргааны хэргийн шүүхэд л хандаж асуудлаа шийдвэрлүүлж таарна. Төрийн нарийн бичгийн дарга гэдэг албан тушаал нь төрийн захиргааны дээд албан тушаал учраас үүнийг улс төрийн шийдвэрээр ажлаас нь халсан гэж үзэх үндэслэл байхгүй. Тиймээс Захиргааны хэргийн шүүх эрхийн дагуу уг асуудлыг хэлэлцэхээс өөр арга байхгүй. Түүнчлэн Засгийн газраас гаргасан захиргааны шинжтэй бүх төрлийн акт, хуралдааны шийдвэрүүдийг ч шүүх хянах эрх нь хүчин төгөлдөр хэвээр буй. Хамгийн сүүлийн жишээ гэхэд Дүнжингаравын хурдан морины уралдааныг зохион байгуулах Засгийн газрын шийдвэрийг Цэц биш Захиргааны хэргийн шүүхээр л хэлэлцсэн учраас асуудлыг хавтгайд нь ойлгох буруу юм. Нэг үгээр хэлбэл, Цэц, шүүх хоёр бие биедээ нөлөөлөх эрхгүйгээс гадна хэлэлцэх хэрэг маргаан нь давхардах ёсгүй. Тэгээд ч Захиргааны хэргийн шүүх, Цэц хоёрын энэ маргааныг 2016 оны хуулиар УИХ хагалчихсан юм.