Сэргээн засварлалтын ажлын хүрээнд тус музейн Хаалган сүм, Махранз сүм зэрэг гол байгууламжийг эх төрхөөр нь сэргээн засварлаж байна.
1904-1908 оны хооронд халхын бүх аймаг хошуудаас 300 гаруй уран дархчууд цуглан бүтээн босгосон бөгөөд энэ оны наймдугаар сард багтаан дуусгахаар төлөвлөж байна. Түүхэн дурсгалт барилга байгууламжуудаа хойч үедээ өвлүүлэх, түүхэн үнэ цэнийг хадгалан сэргээн засварлах бодлогыг Засгийн газраас баримтлан ажиллаж байна.
Улсын төсвийн хөрөнгө оруулалтаар хэрэгжиж буй “Чойжин лам сүм музейн сэргээн засвар” барилгын ажлыг гүйцэтгэхээр “Зэндмэн суварга” ХХК шалгарсан. Энэ хүрээнд тус сүм музейн Хаалган сүм, Махранзын сүм болон саравчны сэргээн засварлалтыг хийж гүйцэтгэж байна.
Чойжин ламын сүм музейг хамгийн сүүлд 1961 онд сэргээн засварлаж олон нийтэд нээлттэй болгож байсан бөгөөд 60 гаруй жилийн хугацаанд жижиг хэмжээний сэргээн засварлалтын ажил хийгдэж байсан ч энэ удаагийнх шиг бүрэн хэмжээний сэргээн засварлалт хийгдэж байгаагүй юм.